Logo komunity Emmanuel je detail ikony P. Maria od Nejsvětější Trojice. Na něm je zobrazena P. Maria jako orant, to je jako prosebnice. Na jejím klíně je Boží a její Syn jako dítě se stejným gestem jako Maria a se svitkem Božího slova v ruce. Tedy jako Slovo vtělené. Dítě jakoby vystupovalo z Matky. Tím se krásně znázorňuje tajemství: přijal tělo z Marie Panny.
Typ ikony se nazývá trinitární proto, že je na jejím horním okraji ruka Otce (není na našem logu), která sesílá na Marii Ducha svatého znázorněného ohnivými kruhy, do nichž je výjev ponořen.
Pro komunitu je to Matka Emmanuele - Boha s námi a současně Matka církve, kterou P. Maria bere svým gestem přímluvkyně pod ochranu. Komunitě je ikona blízká také proto, že Maria je současně jako vzor církve přijímající Krista v ohni Ducha Svatého.